Sådan beregnes længden af DNA-fragmenter

Når det kommer til at måle længden af DNA-fragmenter, som er meget mindre end celler, har mikrobiologer brug for et trick, og det mest bekvemme er gelelektroforese. Denne metode er afhængig af det faktum, at DNA-fragmenter lades, og det er et alternativ til dyrere metoder, såsom røntgenkrystallografi, som var ansvarlig for opdagelsen af DNA med dobbelt-helix-struktur.
How Gel Electrophoresis Virker

Da DNA-molekyler lades, påvirkes de af en elektrisk strøm. Når du sætter dem i en neutral gel og placerer en strøm på tværs af gelen, migrerer molekylerne mod den positive elektrode (anode). Fordi DNA-molekyler i forskellige størrelser bærer den samme ladning, rejser de mindre hurtigere, så denne proces adskiller molekylerne i bånd, der kan sammenlignes med prøver af kendte størrelser.
En grundlæggende elektroforese Procedure -

Gelen fremstilles sædvanligvis af agarose, et polysaccharid, der, når det opvarmes i en pufferopløsning, danner en halvfast, let porøs gel. I den ene ende danner gelen små indrykk, der kaldes brønde, hvor forskeren placerer DNA-prøverne, der undersøges, sammen med referenceprøver med kendt længde, kaldet en DNA-stige. Længderne af stigfragmenterne er forudbestemt ved en anden metode, såsom røntgenkrystallografi.

Når gelen nedsænkes i en ledende opløsning og spænding påføres, begynder fragmenterne at migrere gennem gelen - de mindre først og de større, langsommere bag. De danner sig til sidst til spektrallignende bånd efter størrelse.

Når dette sker, slukker forskeren strømmen, infunderer gelen med et DVA-bindende farvestof og undersøger prøverne under ultraviolet lys. Ved hjælp af stigen som reference kan forskeren bestemme størrelsen på hvert af fragmenterne i et synligt bånd. Kun bånd er synlige - individuelle DNA-fragmenter er for små til at se.
Bestemmelse af længder af ukendte fragmenter <<> Chancerne er ikke hvert bånd i en prøve par op med et bånd på stigen, så for at bestemme størrelserne af disse ukendte fragmenter tegner forskere normalt en graf. På x-aksen er afstanden, som hvert bånd har rejst i stigen i millimeter, mens på y-aksen er størrelsen på hvert bånd. Når punkterne er forbundet med en kurve, kan størrelsen på ethvert bånd ekstrapoleres fra kurven efter måling af afstanden, som dette bånd har tilbagelagt i millimeter.