Effektorproteinerne injiceret af Salmonella T3SS'er har forskellige funktioner, herunder:
- Hæmning af værtscellens immunrespons
- Fremme optagelsen af Salmonella i værtsceller
- Modificering af værtscellens cytoskelet for at skabe en niche for Salmonella-replikation
- Fremkalde celledød for at frigive Salmonella i det ekstracellulære miljø
Disse effektorproteiner arbejder sammen for at lette Salmonellas invasion og replikation i værtsceller, hvilket tillader bakterien at forårsage sygdom.