Crater Lake ligger i Caldera of Mount Mazama, en vulkan, der brød kataklysmisk ud for ca. 7.700 år siden. Udbruddet tømte vulkanens magma -kammer, hvilket fik bjerget til at kollapse indad og danne calderaen. Over tid fyldte regnvand og snesmelt calderaen og skabte den dybeste sø i USA.