* Arktisk hav: Dette er det største vandmasse, der omgiver de innuitiske bjerge, der omfatter dets nordlige og vestlige grænser.
* Baffin Bay: En stor bugt beliggende øst for de innitiske bjerge, der adskiller Baffin Island fra Grønland.
* Lancaster Sound: En stræde, der adskiller Baffin Island fra Devon Island, der udgør en del af den nordvestlige passage.
* Jones Sound: En stræde, der adskiller Devon Island fra Ellesmere Island, også en del af den nordvestlige passage.
* Davis Strait: En stræde mellem Grønland og Baffin Island, der forbinder Baffin Bay til Atlanterhavet.
* Hudson Strait: En stræde, der forbinder Hudson Bay til Atlanterhavet, beliggende syd for de innuitiske bjerge.
Bemærk: Mens der findes adskillige søer og floder i de innuitiske bjerge, er de generelt mindre og betragtes ikke som "vigtige vandmasser" som dem, der er nævnt ovenfor.