Neutrofile og acidofile heterotrofe bakterier udgør størstedelen af bakteriearter. Betegnelserne "neutrofile" og "acidofile" refererer til bakteriearternes optimale pH-værdi - et mål for et stofs surhed eller basicitet. For eksempel måler eddike som surt og bagepulver som base. PH-skalaen varierer fra 0 til 14, med 7, pH i rent vand, lige i midten.
Neutrofile Heterotrophs
De fleste bakterier, neutrofiler, lever i jord eller vand og vokse bedst ved en neutral pH mellem 6 og 8. Hvis pH-værdien varierer for langt uden for dette interval, kan neutrofile bakterier ikke overleve. De fleste bakterier, der forårsager sygdomme hos mennesker, er også neutrofile heterotrofer, velegnede til at overleve i en menneskekrop.
Acidophilic Heterotrophs
Acidofile bakterier vokser bedre ved lavere pH-niveauer, normalt under en pH-værdi på 6, da de har biologiske mekanismer, der gør det muligt for dem at holde deres indre pH nær neutral. Acid mine dræning - den forurenede, meget sure afstrømning fra minedrift områder - indeholder en høj population af acidophiles, der oxiderer sulfidet, der findes i metalmalme. Ifølge Science Education Resource Center ved Carleton College viste acidophil Ferroplasma, der blev fundet i syrevanddræning, pH-værdier så lave som nul.
Obligatorisk Acidophil Heterotrophs
Obligatoriske acidophiler kræver en lav pH-værdi under 4 eller 5, for at overleve. Cellemembranen af obligatoriske acidophiler opløses rent faktisk ved neutrale pH-niveauer, hvilket forårsager celledød. Mange obligatoriske acidophiler er også termofiler - organismer, der vokser bedst ved høje temperaturer - og almindeligvis findes i vulkanske jordbund. Thiobacillus ferrooxidaner reagerer sandsynligvis som den hyppigst studerede jernoxiderende acidofile bakterie.