Protoner findes inde i kernen af et atom, som er den centrale og mest massive del af atomet. Kernen indeholder protoner og neutroner, som tilsammen benævnes nukleoner. Protoner bærer en positiv elektrisk ladning, mens neutroner er elektrisk neutrale. Antallet af protoner i kernen bestemmer et grundstofs atomnummer og er det, der adskiller et grundstof fra et andet. For eksempel er alle atomer med en proton hydrogenatomer, dem med to protoner er heliumatomer og så videre.