Manglen på en atmosfære betyder, at der ikke er vind eller regn på Merkur. Planetens overflade bliver konstant bombarderet af stråling fra Solen og kosmiske stråler, som kan beskadige rumfartøjer og udstyr.
Kviksølv har en meget tynd exosfære, som består af helium, brint, oxygen og natriumatomer. Disse atomer flygter konstant fra planetens atmosfære, og erstattes af atomer fra Solens vind.
Vejret på Merkur er en udfordring for rumfartøjer, som skal kunne modstå de ekstreme temperaturer og stråling. Den Europæiske Rumorganisations BepiColombo-mission er planlagt til at opsendes i 2024 og ankomme til Merkur i 2030. Missionen vil studere planetens overflade, atmosfære og magnetiske felt.