Jupiters skyer ændrer sig konstant, og de kan ses i en række forskellige farver, herunder rød, orange, gul og hvid. Skyernes farver er forårsaget af de forskellige kemikalier, der er til stede i atmosfæren, og af den måde, at lyset fra solen reflekteres fra skyerne.
Jupiters skyer er også ansvarlige for planetens berømte store røde plet, som er en massiv storm, der har raset i mindst 300 år. Den Store Røde Plet er omtrent på størrelse med Jorden, og den er så stor, at den kan ses fra Jorden med et teleskop.