* transmissionselektronmikroskop (TEM): Denne type bruger en stråle af elektroner, der passerer gennem prøven. Elektronerne fokuseres derefter af magnetiske linser på en fluorescerende skærm eller fotografisk plade, hvilket skaber et billede. TEM'er kan opnå opløsninger på op til 0,1 nanometer, hvilket giver mulighed for utroligt detaljerede billeder af de interne strukturer i celler og andre små objekter.
* Scanning af elektronmikroskop (SEM): Denne type bruger en fokuseret stråle af elektroner til at scanne prøvens overflade. Elektronerne interagerer med prøven og producerer signaler, der bruges til at skabe et billede. SEM'er giver detaljerede tredimensionelle billeder af objekternes overflade, og de kan bruges til at undersøge en lang række materialer, fra metaller til biologiske prøver.
lysmikroskoper , som bruger synligt lys til at belyse prøven, er begrænset i deres forstørrelse. Selv de mest kraftfulde lysmikroskoper kan kun forstørre objekter op til ca. 2.000 gange.
Derfor er det kun elektronmikroskoper, der kan opnå forstørrelser på 100.000 gange eller mere.