Genetisk kode
I protister, bakterier og alle andre organismer, visse sekvenser af kemiske basepar i DNA-kode for visse aminosyrer. Koden er næsten universel, i den forstand, at den samme sekvens fra DNA'et vil kode for den samme sekvens af aminosyrer i både en protist og en bakterie. Undtagelser fra denne universalitet omfatter det faktum, at nogle bakterier bruger sekvensen UAG til at kode for pyrrolysin snarere end et stopkodon, hvilket er, hvordan det anvendes i andre organismer. Ikke desto mindre er koden for det meste en bemærkelsesværdig lighed mellem bakterier og protister.
Ribosomer
Både bakterier og protister transcriberer først dele af deres DNA-kode i RNA, og translerer derefter dette RNA i protein ved anvendelse af komplekse strukturer kaldet ribosomer. Igen deler protister og bakterier disse ligheder med alle andre kendte former for liv. Strukturen af ribosomet varierer noget mellem bakterier og eukaryoter som protisterne. Denne forskel er også vigtig, fordi nogle antibiotika dræber bakterier ved at anvende forskelle mellem bakterielle og eukaryote ribosomer.
Cellemembraner
Både bakterier og protister har cellemembraner lavet af kemikalier kaldet fosfolipider. Et fosfolipid i en bakterie eller en protist har en vandopløselig gruppe i den ene ende og en vanduopløselig hale på den anden side, således at cellemembraner fra bakterier og protister er konstrueret fra et dobbeltlag af phospholipider. Halerne på begge peger mod midten af dobbeltlaget. Bakterier har en cellevæg ud over deres cellemembran, og nogle bakterier har både en indre og ydre membran.
Meget konserverede processer
Bakterier og protister deler slående ligheder i forskellige biokemiske processer der ligner også dem i alle andre livsformer. Den proces, som bakterier og protister bruger til at nedbryde glukose kaldes glycolyse. Selv om der er nogle variationer, finder glycolyse sted i næsten alle kendte organismer. Ligeledes er processen med DNA-replikation meget lig med bakterier og protister med nogle mindre forskelle.