Fejlkilder i gelelektroforese

Gelelektroforese er en af ​​de vigtigste metoder, der anvendes i molekylærbiologi til analyse af DNA. Denne metode involverer migrering af fragmenter af DNA gennem en gel, hvor de adskilles på basis af størrelse eller form. Men selv en videnskabeligt forsvarlig metode som gelelektroforese er ikke immun for fejl.

Hvordan elektroforese fungerer

Gelelektroforese involverer brugen af ​​en gel, der normalt er lavet af polymerer som agarose. Gelen er nedsænket i en bufferopløsning, der udfører et elektrisk felt. DNA-prøven af ​​interesse fragmenteres først ved anvendelse af restriktionsenzymer og injiceres derefter i gelen. Når det elektriske felt er tændt, migrerer DNA-fragmenterne i gelen mod den positive elektrode. Hvis DNA-fragmenterne har forskellige størrelser, vil migrationstiderne være forskellige for hvert størrelsesfragment. Fragmenterne visualiseres derefter under anvendelse af et farvestof eller autoradiografi og er synlige som bånd i gelen.

Forurening af prøven

Den store anvendelse af elektroforese er som et redskab til analyse af DNA i molekylærbiologi, men den bruges også i retsmedicin som et middel til at identificere prøver fra en forbrydelsesscene. Det er vigtigt, at fejlkilder i denne teknik minimeres for at få præcise resultater. En kilde til fejl er kontaminering af DNA-prøven. Hvis der er fremmed DNA i prøven, vil gelen have flere bånd, end der findes i en gel, der kun indeholder den rensede prøve.

Problemer med gelen, strømmen og bufferen

The gelens koncentration skal også være korrekt for at undgå fejl. Hvis koncentrationen er for høj eller for lav, vil fragmenterne migrere enten for langsomt eller for hurtigt. Dette vil medføre fejl i løsningen af ​​de forskellige bånd. Under elektroforese-kørslen skal man sørge for, at spændingen er stabil. Eventuelle udsving i spændingen vil resultere i ustabil migration af DNA-fragmenter, hvilket fører til fejl ved læsning af båndene. Bufferopløsningen skal også være af den korrekte sammensætning, da en buffer med den forkerte pH eller ionkoncentrationen vil ændre formen af ​​DNA-fragmenterne og også ændre deres migrationstider.

Korrekt visualisering

Vigtigst er det, at gelen skal visualiseres korrekt. Hvis koncentrationen af ​​farvestoffet eller den radioaktive probe, der anvendes til at visualisere prøverne er for høj, vil det resulterende billede være meget rodet, da resterende fragmenter også vil blive visualiseret. Hvis gelkoncentrationen er for lav, vil der ikke være nogen visualisering. Når de korrekte processer er blevet fulgt i alle faser, vil gelelektroforese give resultater, der er korrekte og kan anvendes med stor tillid. Som med alle videnskabelige procedurer kan gelelektroforese være udsat for fejl, men disse kan minimeres med korrekt forberedelse og håndtering.