Hvad forårsager smøring i elektroforese?

Har du nogensinde spekuleret på, hvordan forskere studerer små fragmenter som dit DNA? En metode er gelelektroforese. Selvom elektroforese normalt producerer klare, letlæselige bånd, der er perfekte til videnskabelig fortolkning, smelter resultaterne til tider for at skjule dataene.

TL; DR (for længe, ​​ikke læst)

Gelelektroforese tillader forskere at visualisere fordøjede prøver og måle størrelsen af ​​fragmenterne. Smøring skyldes ukorrekt fremstillede agarosegeler, indlæsning af en ufortyndet prøve i brøndene eller anvendelse af prøver af dårlig kvalitet.

Hvad er elektroforese?

Gelelektroforese er en måde for forskere at visualisere fordøjede prøver af små molekyler såsom DNA og estimerer størrelserne af disse fragmenter. For at udføre elektroforese, forbereder forskere en gel ved at suspendere agarose i kogende vand. Den resulterende polymerisering producerer krydsede sukkerpolymerer, så gelen ser lidt ud som en spindelvæv på kemisk niveau.

Forskere bruger et skæreinstrument til at danne brønde i gelen, så de kan indlæse meget små mængder fordøjede prøver ind i brøndene. Når maskinen slukkes, får el til at løbe gennem gelen, og fragmenterne i prøverne begynder at rejse fra brøndene til den anden side af gelen. Da gelen er weblik, rejser mindre fragmenter hurtigt gennem matrixen, mens større fragmenter tager længere tid at klatre gennem matrixen. Når den er færdig, indeholder gelen mørke bånd, der repræsenterer, hvor langt forskellige fragmenter rejste. Forskere måler disse bands og bruger en logaritmisk beregning til at bestemme størrelsen af ​​hvert fragment baseret på hvor langt det migrerede.

Forskere håber på klare bånd, men nogle gange smider båndene ud. Denne udsmidning er som regel et resultat af dårligt fremstillede geler, idet ufortyndede prøver lægges i brøndene eller prøver af dårlig kvalitet.

Utilfredsstillende gelpræparation

Når det kommer til udsmidte resultater, er en sandsynlig skyldig dårligt fremstillet gel. En tilfredsstillende gel polymeriserer jævnt og frembringer en ensartet matrix gennem gelen i støbebakken. Hvis en del af gelen - normalt den nederste halvdel - sætter før forskeren slutter at hælde hele bakken, vil den resulterende gel være ujævn og give udtværede resultater.

For meget prøveeksempel

Før du læser prøver ind i brøndene, skal disse prøver være fortyndet nok til at løbe gennem gelen uden at overlaste brøndene. Hvis en ladet prøve er for koncentreret, fordi forskeren har glemt at fortynde den eller anvendt en forkert fortyndingsfaktor, vil fragmenterne være for store til brøndene og producere udsmidning.

Dårlig kvalitetsprøve

Smøring også resultaterne af dårlig prøvekvalitet. For eksempel kan en DNA-prøve, der er forurenet med protein eller indeholdende for meget salt, producere udsmidning. Nedbrydede eller denaturerede prøver giver også dårlige resultater, herunder smørebånd.

Gelelektroforese er en fantastisk måde for forskere at visualisere fordøjede prøver og bestemme fragmentstørrelse. Omhyggelig forberedelse af både gelen og prøven minimerer muligheden for smøring og giver klare bånd, der er ideelle til videnskabelig fortolkning