En almindelig effekt er dannelsen af gentagelsesdomæner, som er områder af genomet, der indeholder flere kopier af den samme DNA-sekvens. Gentagelsesdomæner kan variere i størrelse fra et par hundrede basepar til flere megabaser, og de kan findes i både kodende og ikke-kodende regioner af genomet.
Gentagelsesdomæner kan have en række forskellige funktioner, herunder:
* At yde strukturel støtte til genomet
* Regulering af genekspression
* Formidling af kromosomparring under meiose
En anden almindelig effekt af DNA-segmentduplikationer er dannelsen af palindromer, som er DNA-sekvenser, der læser det samme baglæns og fremad. Palindromer kan dannes, når to kopier af det samme DNA-segment vendes om og indsættes ved siden af hinanden. Palindromer kan have en række forskellige funktioner, herunder:
* Tilvejebringelse af steder til binding af proteiner involveret i DNA-reparation og rekombination
* Formidling af dannelsen af korsformede strukturer, som er DNA-strukturer, der ligner et kryds
* Fremme dannelsen af DNA-hårnåle, som er DNA-strukturer, der ligner en hårnålesving
Ud over at danne gentagne domæner og palindromer kan DNA-segmentduplikationer også føre til dannelsen af andre typer strukturelle variationer, såsom deletioner, insertioner og inversioner. Disse strukturelle variationer kan have en række forskellige effekter på genomet, herunder:
* Forstyrrende genfunktion
* Forårsager genetiske sygdomme
* Fremme udviklingen af nye gener
Samlet set kan DNA-segmentduplikationer have en betydelig indvirkning på genomets 3-D struktur. Disse strukturelle variationer kan have en række forskellige funktioner, og de kan spille en rolle i både normale og unormale cellulære processer.