1. Den lineære sekvens af aminosyrer – Rækkefølgen af aminosyrer i et protein bestemmer dets primære struktur. For eksempel vil et protein sammensat af 100 aminosyrer have en meget anderledes struktur, hvis rækkefølgen af disse aminosyrer ændres. Dette resulterer i et unikt sæt egenskaber for hvert protein.
2. Sidekæde-interaktioner - Hver aminosyre har en unik sidekæde, der bidrager til dens særskilte kemiske egenskaber. Disse sidekæder kan interagere med hinanden gennem stærke eller svage kemiske kræfter, hvilket giver proteinet en stabil struktur. Forskellige kombinationer af sidekædeinteraktioner fører til mangfoldigheden i foldningen af proteiner og deres efterfølgende funktioner.
3. Modifikationer efter syntese - Mange aminosyrer i et protein kan undergå post-translationelle modifikationer. Disse modifikationer, som glycosylering (tilsætning af sukker) eller phosphorylering (tilsætning af phosphatgrupper), udvider mangfoldigheden af proteiner yderligere.
Desuden opnås proteinernes kompleksitet og funktionelle alsidighed ved deres evne til at folde til indviklede tredimensionelle former, som er afgørende for deres biologiske aktiviteter. Disse strukturer bestemmes ikke kun af sekvensen af aminosyrer, men også af interaktionerne mellem forskellige dele af proteinkæden, såsom hydrogenbinding, hydrofobe interaktioner og disulfidbindingsdannelse.
Derfor opstår den forbløffende mangfoldighed af proteiner observeret i levende organismer fra en kombination af faktorer, herunder den lineære sekvens, sidekædeinteraktioner, post-translationelle modifikationer og tredimensionelle foldningsmønstre, alt sammen muliggjort af de unikke egenskaber og interaktioner af de 20 aminosyrer.