En måde at se forskel på moder- og faderkromosomer er ved at se på deres størrelse. Kromosomer består af DNA, og mængden af DNA i et kromosom kan variere fra individ til individ. Generelt har moderkromosomer en tendens til at være lidt mindre end faderlige kromosomer.
En anden måde at se forskellen mellem maternelle og faderlige kromosomer er ved at se på deres centromerer. Centromeren er en region af kromosomet, der er ansvarlig for at fastgøre det til spindelfibrene under celledeling. Placeringen af centromeren kan variere fra et kromosom til et andet. Generelt har maternelle kromosomer centromerer, der er placeret nær midten af kromosomet, mens faderlige kromosomer har centromerer, der er placeret tættere på den ene ende af kromosomet.
Endelig kan maternelle og faderlige kromosomer også skelnes ved deres genetiske markører. Genetiske markører er specifikke sekvenser af DNA, der findes på bestemte steder på kromosomet. Tilstedeværelsen eller fraværet af en bestemt genetisk markør kan bruges til at identificere kromosomet som enten moder eller fader.
Ved at analysere kromosomernes størrelse, centromerplacering og genetiske markører er det muligt at se forskel på maternelle og faderlige kromosomer. Disse oplysninger kan være nyttige til en række forskellige formål, herunder faderskabstest, genetisk rådgivning og medicinsk forskning.