Den rynkede fænotype af ærtefrø er forårsaget af et enkelt genetisk locus, som koder for et protein kaldet starch branching enzyme (SBE). SBE er ansvarlig for syntesen af amylopectin, et forgrenet polysaccharid, der udgør størstedelen af stivelsen i planter. I den rynkede fænotype resulterer en mutation i SBE-genet i produktionen af et ikke-funktionelt SBE-protein, hvilket fører til et fald i amylopektinsyntesen. Dette resulterer i ophobning af mindre, mere forgrenede stivelsesmolekyler, hvilket igen fører til det rynkede udseende af ærtefrøene.