Her er hvorfor:
* DNA's fosfatryggen: DNA består af en sukker-fosfatryggen. Fosfatgrupperne i denne rygrad er negativt ladet.
* Elektroforese: Elektroforese bruger et elektrisk felt til at adskille molekyler baseret på deres størrelse og ladning. Apparatet har en positiv elektrode i den ene ende og en negativ elektrode ved den anden.
* migration: Da DNA er negativt ladet, tiltrækkes det af den positive elektrode. Dette får det til at bevæge sig mod den positive pol under elektroforese.
Bemærk: Mindre DNA -fragmenter vandrer hurtigere end større, fordi de oplever mindre modstand fra gelmatrixen.