Her er hvorfor:
* bakteriofager er vira. De er ikke cellulære organismer og hører ikke til nogen af de tre livsområder (bakterier, archaea, eukarya).
* archaea er enkeltcellede organismer. De adskiller sig fra bakterier og har deres egen unikke biokemi og evolutionære historie.
* bakteriofager inficerer bakterier. De er specifikt målrettet mod bakterieceller og injicerer deres genetiske materiale til at replikere inden for værten.
Sammenfattende er bakteriofager vira, der inficerer bakterier, mens Archaea er et tydeligt domæne af enkeltcellede organismer.