En af de største bekymringer med GDI-motorer er, at de kan producere højere niveauer af partikelemissioner (PM) end PFI-motorer. PM er en form for luftforurening, der kan forårsage en række sundhedsproblemer, herunder luftvejs- og hjerte-kar-sygdomme. GDI-motorer producerer højere niveauer af PM, fordi brændstoffet sprøjtes direkte ind i forbrændingskammeret, hvilket kan føre til ufuldstændig forbrænding og dannelse af sodpartikler.
En anden bekymring med GDI-motorer er, at de kan være dyrere at vedligeholde end PFI-motorer. Dette skyldes, at GDI-motorer kræver en højere grad af præcision i deres design og konstruktion. Derudover bruger GDI-motorer ofte dyrere komponenter, såsom højtryksbrændstofpumper og injektorer.
Generelt er der en vis debat om, hvorvidt GDI-motorer virkelig er det grønne valg. Selvom de tilbyder en række potentielle fordele i forhold til PFI-motorer, har de også nogle ulemper, såsom højere PM-emissioner og øgede vedligeholdelsesomkostninger. I sidste ende er beslutningen om at købe en GDI-motor en personlig, der bør tages efter nøje overvejelse af alle de involverede faktorer.