Jern har en højere densitet end træ, fordi jernatomerne er pakket tættere sammen. Massefylden af et materiale er defineret som dets masse pr. volumenenhed. Massen af en genstand bestemmes af antallet af atomer, den indeholder, mens volumen af en genstand bestemmes af mængden af plads, den optager. Jernatomer er meget tungere end træatomer, og de er også pakket tættere sammen. Det betyder, at jern har en højere masse pr volumenhed end træ, hvilket giver det en højere densitet.
Derudover er atomerne i jern arrangeret i en regulær, krystallinsk struktur, mens atomerne i træ er arrangeret i en mere tilfældig, amorf struktur. Dette bidrager også til den højere tæthed af jern, da det regelmæssige arrangement af atomer gør det muligt at pakke dem tættere sammen.