Hawking var stipendiat i over 50 år ved Cambridge Universitys Gonville og Caius College.
Gonville og Caius flag vajede på halv stang over college fra det 14. århundrede, hvor Hawking havde været stipendiat siden 1965.
Kollegiet på det prestigefyldte engelske universitet åbnede en kondolencebog i dets kapel og bekendtgjorde hans død med et monokromt billede af ham fastgjort på en opslagstavle på gaden.
Hu Xiaohua, en lærer i Kina og en gæsteforsker ved det engelske fakultet i Cambridge, brød sammen i gråd, da hun så på billedet.
"Jeg læste hans bøger og blev inspireret. Han sagde 'giv aldrig op' - og han gav aldrig op, " sagde den 49-årige, dupper hendes øjne med et lommetørklæde.
Hu sagde Hawking, som var bundet til en kørestol i fem årtier af motorneuronsygdom, var en af grundene til, at hun kom til Cambridge og havde inspireret hendes interesse for kvantefysik.
"Han var den største videnskabsmand i det 21. århundrede... Jeg bad for ham hver dag. Jeg ville ønske, han kunne rejse sig, sagde hun til AFP.
Hawking, der døde 76 år gammel, havde et studie på højskolen, som han delte med andre stipendiater. Hans navn er malet i sort og hvid på stenbuens indgang og over rummets trædør.
'Den største mand'
"Han var en fantastisk person, " sagde Edo Dzafic, 26, en molekylærbiologisk doktorand fra Slovenien, der kom for at underskrive kondolencebogen.
Kollegiet åbnede en kondolencebog i kapellet og placerede et sort-hvidt billede af ham på en opslagstavle.
Dzafic sagde, at han "fik folk til at tænke ud af boksen om, hvad der er derude. Det er det, vi alle undrer os over".
Justin Hayward, som var Hawkings doktorand fra 1991 til 1995, sagde, at den banebrydende teoretiske fysiker var kommet til sit bryllup i 2006.
"Han var en sjov person at arbejde sammen med og havde en god sans for humor. For hans elever ved tavlen, nogle gange lidt skræmmende, " sagde Hayward.
Andre tidligere elever, naboer og folk, der var inspireret til at tage fat på videnskaben, hyldede kosmologigiganten i kondolencebogen.
"Den største mand leder os mennesker gennem hele universet, " sagde en kommentar, andre kalder ham "en inspirerende demonstration af menneskelig beslutsomhed", som "beviste, at uanset hvad, du kan".
"Tak for al den viden og håb, du har bragt til menneskeheden, " sagde en, en anden læsning:"Du er den, der har inspireret mig til at søge ind på Cambridge."
Tidligere elev Alex Lyons skrev:"Dine vejledninger kunne være så kryptiske, at jeg kunne bruge uger bagefter på at pusle over, hvad du mente."
Andre sørgende udtrykte også deres håb om et liv efter døden for Hawking, som ikke selv troede på det.
Kerem Bayraktaroglu delte et personligt minde om at spille violin foran Hawking og skrev:"Jeg håber, du nu vil kende universets sande hemmeligheder".
Diana Hayward skrev:"Må du hvile i fred og stige i herlighed. Jeg håber, du finder svarene på mange af dine spørgsmål".
Hawking døde onsdag, 76 år gammel.
Andre skrev:"Din krop kan endelig hvile, men dit sind vil leve for evigt", og "Jeg håber, at dine største vidundere ligger forude".
Tvunget til at 'tænke mere'
Professor Alan Fersht, mesteren af Gonville og Caius, sagde, at hans "helt unikke" ven havde drevet generationer til at tage videnskaben op, og inspirerede andre handicappede.
"Hans minde for hans videnskabelige arbejde vil vare evigt, " fortalte Fersht til AFP. "Hans plads i fysik og kosmologi er fuldstændig sikret."
Han sagde, at han mødte Hawking første gang i 1965, i en spisesal "lidt ligesom Hogwarts Academy".
"Jeg kan huske, at denne unge mand kom ind på en vandrestav, kæmpede sig gennem rummet for at sætte sig ned, og vi vidste, at han var en speciel person, " sagde Fersht.
"Han har været nødt til at arbejde på en bestemt måde. Han kan ikke sidde dernede med blyant og papir eller med et tastatur for at få tingene ud. Han skal tænke mere."
På trods af alle Hawkings videnskabelige resultater, Fersht sagde, at han personligt ville huske ham som en festelsker, danser i sin kørestol, og i fancy kjole som Kong Neptun.
"Jeg tænkte:'Dette er Stephen. Denne person kommer til at tage del i alt, Lad ikke hans handicap holde ham tilbage på nogen som helst måde'."
© 2018 AFP