Rutherford opdagede atomkernen, et lille område inde i atomet i dets centrum, der indeholdt næsten hele atomets masse og positivt ladet. For at gøre plads til denne nye atommodel blev meget om Thomsons blommebudding atommodel, der beskrev elektroner suspenderet på et ensartet hav af positivt materiale inde i atomet, unøjagtigt.