Phobos overflade er særligt kraftigt krateret, med nogle kratere over 1 kilometer i diameter. Det største krater på Phobos er Stickney, som er omkring 9 kilometer på tværs. Stickney menes at være blevet dannet af et stød, der næsten rev Phobos fra hinanden.
Deimos har færre kratere end Phobos, men der er stadig flere store kratere på overfladen. Det største krater på Deimos er Swift, som er omkring 2 kilometer på tværs. Swift menes at være blevet dannet af et stød, der udstødte en stor mængde materiale fra Deimos, hvilket skabte et stort udkasttæppe.
Kratere på Phobos og Deimos er vigtige, fordi de kan give information om solsystemets historie. Ved at studere størrelsen, formen og fordelingen af kratere på disse måner kan forskerne lære om de typer objekter, der har påvirket dem over tid. Disse oplysninger kan hjælpe os til bedre at forstå solsystemets udvikling og de farer, som rummissioner står over for.