1. Omkrystallisation: Mineralerne i den originale klippe (protolitten) omarrangeres og omkrystalliseres ofte til nye mineraler. Denne proces kan ødelægge alle eksisterende fossile strukturer.
2. Deformation og klipning: Det enorme pres kan få klipper til at deformere og foldes. Dette kan knuse, fordreje eller udslette de tilstedeværende fossiler.
3. Kemiske reaktioner: De høje temperaturer kan drive kemiske reaktioner, der ændrer sammensætningen af klippen, opløser eller ændrer det originale fossilmateriale.
4. Opløsning: Nogle fossiler, især dem, der er lavet af calciumcarbonat (som skaller), kan opløses af de væsker, der cirkulerer gennem den metamorfe klippe.
5. Mineralvækst: Nye mineraler kan vokse inden i klippen, yderligere skjule eller ødelægge fossile rester.
6. Foliation: Mange metamorfe klipper udvikler en lagdelt struktur (foliation) på grund af trykket. Dette kan forvrænge eller bryde fossiler fra hinanden.
Bemærk: Mens de intense metamorfisme generelt gør fossil konservering vanskelig, er det ikke umuligt. Nogle fossiler kan overleve, hvis de er:
* lavet af resistent materiale: Fossiler lavet af silica (som nogle radiolariere) eller resistente mineraler som kvarts er mere tilbøjelige til at overleve.
* beskyttet af omgivende rock: Hvis fossilet er indkapslet i et meget hårdt eller resistent lag af sten, kan det være afskærmet fra de mest intense metamorfe processer.
* metamorfoseret ved lavere kvaliteter: Ved lavere temperaturer og tryk overlever nogle fossiler muligvis, især hvis de allerede er indkapslet i holdbar klippe.
Generelt er dannelsen af metamorfe klipper en meget destruktiv proces for fossiler. Muligheden for at finde fossiliserede rester inden for metamorfe klipper eksisterer imidlertid, skønt det er meget mindre almindeligt end i sedimentære klipper.