mod øst:
* Caribbean Hav: Denne store hav danner den østlige grænse af Mesoamerica.
* Mexicogolfen: Mexicogolfen ligger øst for Mesoamerica og grænser op til Yucatan -halvøen.
mod vest:
* Stillehavet: Stillehavet danner den vestlige grænse af Mesoamerica.
inden for Mesoamerica:
* Lake Nicaragua: Dette er den største sø i Mellemamerika, der ligger i Nicaragua.
* Lake Atitlán: Denne smukke sø ligger i Guatemala, omgivet af vulkaner.
* Izabal: Denne store sø ligger i Guatemala, der er forbundet med det Caribiske Hav ved en kort flod.
* Lake Chapala: Dette er den største sø i Mexico, der ligger i staten Jalisco.
* Lake Texcoco: Denne sø, nu for det meste drænet, var historisk vigtig for den aztekiske civilisation.
Mesoamerica har også et antal floder, herunder Umumacinta -floden, Grijalva -floden, Motagua -floden og San Juan -floden.