Stromatolitter dannes ved fældning, binding og cementering af sedimentkorn af mikrobielle måtter, primært cyanobakterier. Disse måtter vokser i lavt, varmt, saltvand og producerer et klistret lag med slim, der fælder sediment. Over tid bygger disse lag op og danner de karakteristiske lagdelte strukturer, der er karakteristiske for stromatolitter.