Her er hvorfor:
* mineraler har en specifik kemisk sammensætning og krystalstruktur. Calcite (Caco₃) er et mineral, men kalksten er en rock der kan indeholde andre mineraler som dolomit, kvarts og ler.
* klipper er aggregater af en eller flere mineraler. Kalksten er et samlet kalsit (og nogle gange andre mineraler).
* klipper kan have forskellige strukturer og kompositioner. Kalksten kan dannes på forskellige måder, hvilket fører til forskellige strukturer (som krystallinske, granulære eller fossile) og sammensætninger (inklusive forskellige mængder af kalsit og andre mineraler).
Så selvom kalksten hovedsageligt er lavet af kalsit, er det en klippe, fordi det er en kombination af mineraler og kan have forskellige sammensætninger og teksturer.