Ny teknik til at identificere kilden til madforgiftning

Forskere ved University of Aberdeen har udviklet en ny teknik, der kan hjælpe med at identificere kilden til madforgiftning eller infektion hurtigere og mere præcist end de nuværende metoder.

Fremskridt inden for hele genom -sekventering (WGS) betyder, at den komplette DNA -sekvens af en organismes genom kan opnås på et enkelt tidspunkt.

Men metoder til effektivt at udvinde denne rigdom af information til infektionskontrol er endnu ikke fuldt udviklet.

Skriver i journalen Videnskabelige rapporter , forskerne skitserer en ny teknik, som de demonstrerede kunne matche campylobacter og potentielt andre almindelige fødevarebårne patogener mere præcist til deres oprindelseskilde inden for en markant reduceret tidsramme.

Campylobacter-bakterierne forårsager mere fødevarebåren sygdom end nogen anden organisme, men det er ofte svært at finde ud af, hvor en patient har fået infektionen, da den kan stamme fra flere dyrebeholdere, herunder kvæg, kylling, grise, får og vilde fugle.

Teknikken udviklet af Aberdeen -forskerne bygger på en ny metode til maskinlæring - kendt som metoden minimal multilocus distance (MMD) - som kan bruges til at 'træne' en computer til at identificere sandsynlige kilder med en høj grad af nøjagtighed.

Undersøgelsen blev ledet af Dr. Francisco Perez Reche og professor Norval Strachan, både fra University of Aberdeens afdelinger for fysik og biologiske videnskaber.

Dr. Perez Reche sagde:"Der er en række eksisterende metoder til at beregne den sandsynlige kilde til en infektion, men for at fungere effektivt, de bruger enten kun en del af genomets sekvensering, hvilket betyder, at resultaterne er mindre målrettede, eller hvis de bruger hele genomet, beregningerne kan tage op til to dage at udføre.

"Når man håndterer et udbrud af infektion, hastighed og nøjagtighed ved at identificere den sandsynlige kilde er nøglen.

"Vores MMD -metode træner computeren til at identificere sandsynlige kilder til oprindelse for en campylobacter -infektion inden for få sekunder."

Professor Strachan tilføjede:"Dette har potentiale til hurtigt at give oplysninger om den potentielle infektionskilde og kan bruges til at informere strategier til at reducere madforgiftning."

Teknikken er blevet demonstreret på et teoretisk niveau, men yderligere forskning vil være påkrævet for at bygge den ind i teknologi, der kan være til rådighed for sundhedspersonale.

Ud over dets anvendelse til madforgiftning, forskerne undersøgte også, hvordan det kunne anvendes på menneskelig evolution ved at matche individer til befolkninger, for at bestemme den geografiske fordeling af forskellige arter og for at bestemme typen af ​​brystkræfttumorer.