Et molekyle er den mindste stofenhed, der bevarer en forbindelses kemiske egenskaber. Det er sammensat af to eller flere atomer, der holdes sammen af kovalente bindinger. Atomerne i et molekyle deler elektroner for at opnå en stabil elektronkonfiguration.
Molekyler kan være diatomiske, triatomiske eller polyatomiske. Diatomiske molekyler består af to atomer, såsom H2O. Triatomiske molekyler består af tre atomer, såsom CO2. Polyatomiske molekyler består af fire eller flere atomer, såsom C6H12O6 (glukose).
Et molekyles egenskaber bestemmes af antallet og arrangementet af atomer i det. Antallet af atomer i et molekyle bestemmer dets molekylvægt. Arrangementet af atomer i et molekyle bestemmer dets molekylære struktur. Et molekyles molekylære struktur bestemmer dets fysiske og kemiske egenskaber.