I forbindelse med DNA-ekstraktion spiller SDS en afgørende rolle i at frigøre DNA'et inde fra cellen og gøre det tilgængeligt for yderligere behandling. Ved at nedbryde cellemembranen og kernekappen letter SDS frigivelsen af DNA til ekstraktionsbufferen, hvor det efterfølgende kan oprenses og analyseres.
SDS bruges typisk i kombination med andre reagenser såsom proteinase K eller RNase for at sikre fuldstændig lysis af celler og fjernelse af cellulært affald. Brugen af SDS i DNA-ekstraktion er et grundlæggende trin i forskellige molekylærbiologiske teknikker og er afgørende for at opnå højkvalitets-DNA til downstream-applikationer såsom PCR, DNA-sekventering og genetisk analyse.