Ammoniumforbindelser kan påvirke gram-negative bakterier på en række forskellige måder. For eksempel kan de forstyrre protonernes drivkraft, som er afgørende for energiproduktionen i bakterierne. De kan også beskadige cellemembranen og hæmme syntesen af essentielle molekyler, såsom proteiner og nukleinsyrer.
Ammoniumforbindelsernes specifikke virkning på gramnegative bakterier kan variere afhængigt af typen af ammoniumforbindelse og den anvendte koncentration. Nogle ammoniumforbindelser kan være mere effektive end andre til at hæmme væksten af gram-negative bakterier.
Afslutningsvis kan ammoniumforbindelser påvirke gram-negative bakterier, selvom de kan være mindre effektive end mod gram-positive bakterier på grund af tilstedeværelsen af den ydre membran.