I IO4-ionen er jodatomet omgivet af fire oxygenatomer, der danner en tetraedrisk struktur. Bindingsvinklen mellem jodatomet og hvert oxygenatom er 109,5 grader. Denne vinkel stemmer overens med ionens tetraedriske geometri, som har fire ækvivalente bindinger fra jodatomet til de fire oxygenatomer.