* begge består af atomer. De grundlæggende byggesten i alle stoffer, hvad enten det er et simpelt vandmolekyle eller et komplekst protein, er atomer.
* Begge følger kemiklovene. Principperne for kemisk binding, reaktionskinetik og termodynamik gælder lige for både organiske og uorganiske molekyler.
* begge kan deltage i kemiske reaktioner. Begge typer molekyler kan interagere med hinanden og danne nye stoffer gennem kemiske reaktioner.
* begge findes i levende organismer. Selvom organiske molekyler er de primære byggesten i livet, spiller uorganiske molekyler afgørende roller i biologiske processer. For eksempel er vand afgørende for alle levende ting, og mineraler som calcium og jern er nødvendigt for forskellige kropslige funktioner.
I det væsentlige er organiske og uorganiske molekyler begge en del af den samme kemiske verden og styres af de samme grundlæggende kemiske love. De adskiller sig simpelthen i de typer atomer, de indeholder, og kompleksiteten af deres strukturer.