Hvad stabiliserer en aminosyre -helix?

1. Hydrogenbinding: Den vigtigste faktor er dannelsen af hydrogenbindinger mellem rygraden amid (N-H) og carbonyl (C =O) grupper af aminosyrer, der er fire rester fra hinanden langs helixen. Disse brintbindinger skaber et stærkt netværk, der holder helixen sammen.

2. Van der Waals -interaktioner: Den tætte pakning af aminosyresidekæderne i helixen bidrager til stabilitet gennem van der Waals -interaktioner. Denne interaktion opstår fra de midlertidige udsving i elektronskyer omkring atomer, hvilket fører til svag, men additiv tiltrækning mellem ikke-polære grupper.

3. Elektrostatiske interaktioner: Elektrostatiske interaktioner mellem ladede sidekæder kan påvirke helix -stabilitet. For eksempel kan interaktioner mellem positivt ladede rester og negativt ladede rester stabilisere helixen.

4. Hydrofob effekt: Ikke-polære sidekæder har en tendens til at klynge sig sammen i det indre af helixen væk fra de omgivende vandmolekyler. Denne hydrofobe effekt bidrager til helixens samlede stabilitet.

5. Prolin- og glycinforstyrrelse: Prolin forstyrrer med sin cykliske struktur det almindelige mønster af brintbinding i helixen. Glycin med sin lille størrelse kan også forstyrre helixen på grund af dens fleksibilitet.

Faktorer, der påvirker stabiliteten:

* aminosyresekvens: Sekvensen af aminosyrer i et protein påvirker signifikant helixdannelse og stabilitet. Visse aminosyrer er mere tilbøjelige til Helix -dannelse end andre.

* opløsningsmiddelbetingelser: Tilstedeværelsen af visse opløsningsmidler eller ioner kan forstyrre hydrogenbinding og påvirke helixstabilitet.

* Temperatur: Forøget temperatur kan forstyrre brintbindinger og andre interaktioner, hvilket fører til helix udfoldelse.

Generelt er stabiliteten af en alfa-helix et komplekst samspil mellem forskellige faktorer. Mens hydrogenbinding spiller en afgørende rolle, bidrager andre interaktioner som van der Waals -kræfter, elektrostatiske interaktioner og den hydrofobe effekt væsentligt. Den specifikke aminosyresekvens og miljøforhold påvirker også stabiliteten af alfa-helixen.