Den menneskelige aktivitet, der har den mest negative effekt på stabiliteten af et sømiljø, er eutrofiering, som er berigelse af et vandområde med næringsstoffer, især nitrogen og fosfor. Disse næringsstoffer kan komme fra en række forskellige kilder, herunder landbrugsafstrømning, spildevandsudledning og industrielt spildevand. Eutrofiering kan føre til algeopblomstring, som kan blokere sollys i at nå undervandsplanter og reducere mængden af ilt i vandet. Dette kan have en negativ indvirkning på hele søens økosystem, herunder fisk, padder og hvirvelløse dyr. Derudover kan eutrofiering også føre til opbygning af giftige kemikalier i vandet, som kan udgøre en sundhedsrisiko for mennesker og dyreliv.