Oxford Nanopore afslører bærbar genomsekvenser – MinION

(Phys.org) —U.K. baseret Oxford Nanopore Technologies har indfriet et løfte, der blev givet for to år siden, om at producere en billig genom-sequencer, der er baseret på nanopore-teknologi. David Jaffe, med Broad Institute rapporterede til et publikum på Advances in Genome Biology and Technology-mødet i Florida i sidste uge, at han er blevet bedt af Oxford Nanopore om at prøve den nye enhed, kaldet MinION, og har fundet det lovende.

Oxford Nanopore Technologies skabte røre i den biologiske videnskabsverden i 2012, da repræsentanter for virksomheden annoncerede, at dets forskerhold med succes havde skabt en sekventeringsenhed baseret på nanopore-teknologi, og at en billig prototype ville blive leveret til forskere uden for virksomheden kort efter. Virksomheden løb tilsyneladende ind i problemer med at øge sin poreteknologi og var nødt til at finde nogle alternative materialer - og dermed to års forsinkelse.

Nanopore-sekventering er, hvor enkelte DNA-strenge trækkes gennem en pore - når hvert basepar passerer gennem poren, måles dets ledningsevne - information, der kan bruges til identifikation af en computer. Fordelen ved denne tilgang er, at i det mindste i princippet, enhver strenglængde kan sekventeres.

MinION er ikke til salg endnu - på nuværende tidspunkt stiller virksomheden prototyper til rådighed for nogle få udvalgte notabiliteter inden for genomsekventering - hver vil skulle hæve $1000 som en udbetaling for æren. Enheden tilsluttes en port på en computer, som udfører behandlingen. Sammen med enheden, som er blevet sammenlignet med størrelsen af ​​en tyggegummipakke, Oxford Nanopore Technologies vil sende DNA-prøver, som forskere kan bruge til at lære at bruge den nye enhed - derefter de kan sekvensere, hvad de vil. Ved at teste strenge af to typer bakterielt DNA sendt til ham, Jaffe rapporterer med blandede resultater - lange strækninger af data blev opnået korrekt i nogle tilfælde, men i andre var der nogle fejl. For at samle hele genomet af en type bakterier, for eksempel, han skulle også bruge en sekventeringsenhed lavet af et andet firma. Han bemærkede, at han er optimistisk med hensyn til enheden, imidlertid, som repræsentanter fra Oxford Nanopore har forsikret ham om, at fejlrater kan reduceres ved hjælp af visse teknikker, selvom forbedringer af enheden er ved at blive udarbejdet tilbage i laboratoriet.

Hvis fejlraterne ved hjælp af MinION kan reduceres til et praktisk niveau, enheden kunne markere et vendepunkt i gemone-sekventering, da det ville være en enhed, der kunne bæres og bruges til feltarbejde. Og selvom prisen på en sådan enhed ikke er blevet annonceret, Oxford Nanopore har gentagne gange brugt udtryk som billig og overkommelig til at beskrive det, angiver, at det vil koste meget mindre end andre sekventeringsenheder i øjeblikket på markøren, når den er klar til salg.

© 2014 Phys.org