Ligesom astronauter og kosmonauter er meget omhyggelige med at opretholde deres personlige hygiejne ved at tage regelmæssigt brusebad og skifte tøj, gennemgår ISS også en regelmæssig vedligeholdelsesproces for at sikre, at den forbliver ren og desinficeret.
ISS har en række filtre og systemer, der hjælper med at holde luften ren og fri for skadelige partikler. Kabineluften cirkuleres kontinuerligt og ledes gennem filtre for at fjerne støv, bakterier og andre forurenende stoffer. Stationen har også et vandrensningssystem, der fjerner urenheder og forurenende stoffer fra vandet, der bruges til at drikke, lave mad og personlig hygiejne.
Overfladerne på ISS rengøres og desinficeres også regelmæssigt ved hjælp af en række forskellige metoder. Astronauter og kosmonauter bruger antibakterielle servietter og rengøringsmidler til at tørre overflader af, og de bruger også støvsugere til at fjerne støv og snavs.
Udover generel rengøring og vedligeholdelse gennemgår ISS også en mere grundig rengøringsproces med få måneders mellemrum. Denne proces involverer rensning af alle overflader i stationen, såvel som luft- og vandsystemerne. ISS inspiceres også med jævne mellemrum for tegn på beskadigelse eller slitage.
Generelt er ISS et meget rent miljø, og astronauter og kosmonauter er meget omhyggelige med at holde det sådan.