Hvordan man forstår flowcytometriresultater

Forskere bruger flowcytometri til at differentiere mellem forskellige typer celler eller mikroskopiske organismer. Det er et værktøj, der anvendes i mange applikationer såsom medicinsk diagnostik eller retsmedicinsk patologi. Selvom denne eksperimentelle teknik er ret let at opnå, er analysen af ​​de komplekse data frembragt af flowcytometeret vanskeligere på grund af de multiple eksperimentelle faktorer og /eller cytometerparametre. Som sådan er det rutinemæssigt for cytometriske data at blive visualiseret og analyseret ved hjælp af sofistikerede professionelle programmer som CELLQuest eller FlowJo. Kendskab til flowcytometri teknikker, maskiner og software er nødvendig for at forstå resultaterne fra disse eksperimenter.

Forståelse af flowcytometri data

Klargør eksperimentets formål ved at spørge: "Hvad var spørgsmålet eller hypotesen undersøges? " Dette vil være nødvendigt for at justere de røde resultater til det relevante format og indstillinger for yderligere analyse ved hjælp af statistisk cytometry software. Gør det, som ændringer er nødvendige for at få de data, der vises med de relevante indstillinger (fx positive celler, negative porte, fluorescensintensitet, cellepopulationer osv.).

Find porte. Celler kan grupperes eller simpelthen observeres grupperet sammen på en densitetsplot eller konturdiagram. Grupperne adskiller sig ofte afhængigt af deres identitet. Hvis en gruppe pletter meget intensivt for en bestemt markør eller antistof, konkluderes det, at medlemmerne af denne gruppe alle har identiteten af ​​den specifikke celletype, som udtrykker den markør. Det er almindeligt at finde celler, der er positive for mere end en af ​​disse markører, og disse celler er som regel en mellemliggende og betegnet som "dobbelt-positiv."

Se på scattergraphs. Den måde, cellerne spredes ud i et scatterplot er en indikation af cellernes størrelse. Celler med meget store eller høje scatters er typisk store celler; De kan dog være store, simpelthen fordi de indeholder en høj andel cytoplasma, eller de kan være høje, fordi de har en meget stor kerne. Afhængigt af den biologi, der undersøges, vil dette selvfølgelig variere meget mellem forsøg.

Se på tal. Juster punkterne for at vise forskellige parametre på en akse (normalt X-aksen), mens tællerne holdes på Y-aksen. Dette angiver den andel af prøvepopulationen, der er positiv for den pågældende parameter, da en top normalt vil blive observeret i en positivt farvet prøve, som vil være fraværende fra den negative kontrolprøve.

Se på multiple- parameter histogrammer. Ved at justere X-aksen og Y-aksen til hver repræsenterer en anden parameter, der blev undersøgt under eksperimentet, er det muligt at få en dybere forståelse for egenskaberne af prøven. For eksempel ved at indstille X-aksen til rød fluorescens og Y-aksen til grøn fluorescens, kan kvadrant-stil porte beregnes for prøven for at vise fire områder af en kvadrant, hvori celler er til stede og farves for enten rød eller grøn fluorescens, begge farver eller slet ingen. Dette gør det muligt at opdele en heterogen prøve i dets komponentdele og eventuelle overlappende enheder, der skal visualiseres såvel som kvantificerede.