Der er dog en vis debat om detaljerne i teorien, såsom den nøjagtige timing og størrelsen af de forskellige perioder med global opvarmning og afkøling. Dette skyldes, at beviserne ikke altid er fuldstændige eller entydige, og der er forskellige måder at fortolke data på. Som følge heraf er der nogle videnskabsmænd, der har foreslået alternative teorier om Jordens klima i de sidste 15 millioner år.
En alternativ teori er, at Jordens klima har været relativt stabilt i de sidste 15 millioner år, med kun mindre udsving i temperaturen. Denne teori er baseret på beviserne for, at Jordens temperatur har holdt sig relativt konstant i de sidste 10.000 år, og at Jordens klima ikke har undergået nogen større ændringer i denne tid.
En anden alternativ teori er, at jordens klima er styret af en kombination af faktorer, herunder solstråling, vulkansk aktivitet og ændringer i jordens kredsløb. Denne teori er baseret på beviserne for, at Jordens klima har ændret sig som reaktion på ændringer i disse faktorer i fortiden.
Debatten om teorien om Jordens klima i de sidste 15 millioner år vil sandsynligvis fortsætte i nogen tid. Imidlertid mener flertallet af videnskabsmænd, at teorien i det væsentlige er korrekt, og at Jordens klima har undergået betydelige ændringer i denne tidsperiode.