1.. vanskeligt at kontrollere og manipulere: Kosmiske stråler forekommer naturligt, og deres egenskaber som energi og kørselsretning styres ikke let. Dette gør det udfordrende at bruge dem til specifikke applikationer, i modsætning til menneskeskabte strålingskilder, der kan manipuleres.
2. Potentielle sundhedsrisici: Kosmiske stråler med høj energi kan interagere med stof, inklusive levende væv og potentielt forårsage skade. Mens intensiteten af kosmiske stråler generelt er lav, kan langvarig eksponering, især i høje højder eller i rummet, øge risikoen for strålingssyge og kræft.