Enkeltmolekyletransport involverer den direkte bevægelse af individuelle proteiner eller proteinkomplekser gennem cytoplasmaet uden behov for store vesikler. Denne proces medieres af motorproteiner, der udnytter energien fra ATP-hydrolyse til at transportere deres last langs cytoskeletfilamenter, såsom mikrotubuli og actinfilamenter.
Et af de vigtigste fund, der udfordrede bulkflow-modellen, var observationen af, at mange proteiner transporteres over lange afstande i celler i løbet af få sekunder, hvilket ville være vanskeligt at opnå gennem den relativt langsomme proces med vesikelmedieret transport. Desuden har undersøgelser, der anvender enkeltmolekyle-billeddannelsesteknikker, givet direkte visualisering af individuelle proteiner, der bevæger sig langs cytoskeletfilamenter, hvilket understøtter konceptet med enkeltmolekyle-transport.
Dette paradigmeskift har betydelige implikationer for vores forståelse af cellulære processer, da det antyder, at proteiner hurtigt og effektivt kan leveres til deres specifikke destinationer i cellen, hvilket giver mulighed for præcis regulering af cellulære funktioner. Det fremhæver også vigtigheden af motoriske proteiner og cytoskeletfilamenter i cellulær handel og organisering.