Når kromosomerne omarrangeres, kan den normale rækkefølge og afstand mellem generne blive forstyrret. Dette kan påvirke genekspression, som er den proces, hvorved gener omdannes til proteiner. Genekspression kan øges, reduceres eller endda slås fra, hvis kromosomerne omarrangeres.
Afbrydelsen af genekspression kan have en bred vifte af virkninger på organismen. For eksempel kan en omarrangering, der påvirker et gen, der er afgørende for udvikling, føre til fødselsdefekter eller endda død. En omlejring, der påvirker et gen, der er vigtigt for immunfunktionen, kan gøre organismen mere modtagelig for sygdomme.
Samlet set kan omarrangering af kromosomer i væsentlig grad påvirke organismens funktion og kan have alvorlige konsekvenser.