Når et elektrisk felt påføres, vil positivt ladede partikler (kationer) i gelen eller membranen bevæge sig mod den negative elektrode (katode), mens negativt ladede partikler (anioner) vil bevæge sig mod den positive elektrode (anode). Denne bevægelse af ladede partikler skaber en forskel i osmotisk tryk mellem de to sider af membranen. Den side af membranen, der indeholder den højere koncentration af kationer, vil have et højere osmotisk tryk end den side, der indeholder den højere koncentration af anioner.
Som et resultat af denne forskel i osmotisk tryk vil vandmolekyler bevæge sig fra siden af membranen med det lavere osmotiske tryk til siden med det højere osmotiske tryk. Denne bevægelse af vandmolekyler kaldes endosmotisk strømning.
Endosmotisk strømning kan have flere virkninger på den elektroforetiske adskillelse af ladede partikler. For det første kan det få partiklerne til at bevæge sig hurtigere eller langsommere, end de ville gøre i fravær af endosmotisk strømning. For det andet kan det ændre retningen af partikelbevægelse. For det tredje kan det få partiklerne til at sprede sig mere eller mindre, end de ville gøre i fravær af endosmotisk strømning.
Virkningerne af endosmotisk strømning på elektroforetisk adskillelse kan kontrolleres ved at manipulere sammensætningen af gelen eller membranen og styrken af det elektriske felt.