Kupffer-cellerne er placeret i leveren, specifikt i lumen af de hepatiske sinusoider, som er specialiserede blodkar, der løber gennem levervævet. Kupffer-celler beklæder sinusoiderne og er strategisk placeret til at overvåge og interagere med blodet, når det strømmer gennem leveren. De spiller en afgørende rolle i at opretholde leverhomeostase, immunovervågning og afgiftningsprocesser.