Forskellen mellem dominante og recessive alleler skyldes den måde, de interagerer med hinanden på. Dominante alleler producerer et protein, der er funktionelt, mens recessive alleler producerer et protein, der er ikke-funktionelt. Når et individ er heterozygot for et gen, vil det funktionelle protein produceret af den dominerende allel være nok til at producere den normale fænotype. Men når et individ er homozygot for en recessiv allel, vil det ikke-funktionelle protein produceret af den recessive allel ikke være i stand til at producere den normale fænotype. Dette vil resultere i ekspressionen af den recessive fænotype.
Her er en tabel, der opsummerer de vigtigste forskelle mellem dominante og recessive alleler:
| Karakteristisk | Dominant Allel | Recessiv allel |
|---|---|---|
| Ekspression i heterozygoter | Udtrykt | Ikke udtrykt |
| Udtryk i homozygoter | Udtrykt | Udtrykt |
| Proteinfunktion | Funktionel | Ikke-funktionel |
| Fænotype i heterozygoter | Normal | Normal |
| Fænotype hos homozygoter | Normal | Recessiv |