Hvad er et palindrom i forhold til restriktionsenzymstedet?

I forbindelse med restriktionsenzymer er et palindrom en sekvens af nukleotider, der læser det samme fremad og bagud på begge DNA-strenge. Disse palindromiske sekvenser tjener som genkendelsessteder for specifikke restriktionsenzymer, som er proteiner, der spalter DNA-rygraden ved eller nær deres målsekvenser.

Hvert restriktionsenzym genkender og skærer i en specifik palindromisk sekvens. For eksempel binder det almindeligt anvendte restriktionsenzym EcoRI til og spalter den palindrome sekvens 5'-GAATTC-3'. De to DNA-strenge vil have følgende komplementære sekvenser på EcoRI-stedet:

Øverste tråd:5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'

Bundstreng:3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

Palindromet er tydeligt i de komplementære sekvenser. Når DNA'et spaltes af EcoRI, vil de to resulterende klæbrige ender også være palindromiske, hvilket muliggør let ligering til andre restriktionsfragmenter med kompatible udhæng.

Desuden spalter nogle restriktionsenzymer DNA-strengen i genkendelsessekvensen, mens andre skærer nogle få nukleotider væk fra stedet. Denne egenskab fører til henholdsvis stumpe ender eller sammenhængende ender (også kendt som "klæbende ender") ved fordøjelse. At forstå palindromgenkendelses- og spaltningsmønsteret for restriktionsenzymer er afgørende for manipulation og analyse af DNA i genteknologi og bioteknologiske applikationer.