Den største forskel mellem tRNA og mRNA er tilstedeværelsen af et anticodon i tRNA. Antikodonet er en sekvens af tre nukleotider på tRNA, som er komplementær til et specifikt kodon, som er en sekvens af tre nukleotider på mRNA. Antikodonet i tRNA er ansvarligt for at genkende og binde til det komplementære kodon på mRNA under proteinsyntese. tRNA bringer den korrekte aminosyre til mRNA-komplekset ved at genkende de tre nukleotider og vedhæfte den matchende aminosyre til den korrekte position i proteinet.