Hvorfor skulle en videnskabsmand bruge højere kontra lavere procentvis agaroseopløsning, når man forbereder gel til adskilt DNA?

Procentdelen af ​​agarose i en gel bestemmer dens porestørrelse . Denne porestørrelse påvirker direkte, hvordan DNA -fragmenter adskilles ved elektroforese. Her er grunden til, at en videnskabsmand kan vælge en højere eller lavere procentdel:

højere procentdel agarose (f.eks. 1-2%):

* mindre porestørrelse: Dette giver mulighed for bedre adskillelse af mindre DNA -fragmenter . Gelen fungerer som en sigte, der fanger mindre fragmenter i længere tid, hvilket får dem til at migrere langsommere.

* Brugt til:

* Analyse af DNA -fragmenter mindre end 1000 basepar (BP)

* Adskillelse af høj opløsning af små fragmenter

* Restriktionsfragmentlængde polymorfisme (RFLP) analyse

lavere procentdel agarose (f.eks. 0,5-0,8%):

* større porestørrelse: Dette giver mulighed for hurtigere migration af større DNA -fragmenter .

* Brugt til:

* Adskiller større DNA -fragmenter (over 1000 bp)

* Analyse af genomisk DNA

* Pulseret feltgelelektroforese (PFGE) til meget store DNA-molekyler

Nøgleovervejelser:

* fragmentstørrelse: Størrelsen på de DNA -fragmenter, du prøver at adskille, er den primære faktor til bestemmelse af gelprocenten.

* opløsning: Højere procentvise geler giver højere opløsning til adskillelse af små fragmenter, mens lavere procentdel er bedre til at adskille store fragmenter.

* migrationstid: Højere procentdel af geler bremser migration, hvilket kræver længere køretider. Lavere procentdel af geler giver mulighed for hurtigere migration.

Eksempel:

Hvis du analyserer produkterne fra et begrænsningsenzym fordøjelse, der indeholder fragmenter, der spænder fra 500 til 1000 bp, ville du sandsynligvis vælge en 1% agarosegel. Hvis du analyserede genomisk DNA med fragmenter, der spænder fra 50.000 til 100.000 bp, ville en 0,7% agarosegel være mere passende.