Hvorfor har du området for koncentration agarose i gelelektroforese?

Koncentrationen af ​​agarose i et gelelektroforeseeksperiment påvirker direkte størrelsen på porerne i gelmatrixen. Dette bestemmer igen den opløsende effekt af gelen, der henviser til dens evne til at adskille molekyler i forskellige størrelser.

Her er en sammenbrud af forholdet mellem agarosekoncentration og gelegenskaber:

høj agarosekoncentration (f.eks. 2%):

* små porer: En højere agarosekoncentration skaber en strammere gel med mindre porer. Dette er ideelt til at adskille mindre DNA -fragmenter (under 1000 bp), fordi mindre molekyler lettere kan navigere i de trange rum.

* Højere opløsning: Mindre fragmenter migrerer mere tydeligt på grund af den mindre porestørrelse, hvilket resulterer i skarpere bånd.

* langsommere migration: Molekyler skal presse gennem strammere rum, hvilket fører til langsommere migrationshastigheder.

lav agarosekoncentration (f.eks. 0,5%):

* Store porer: En nedre agarosekoncentration skaber en løsere gel med større porer. Dette er ideelt til adskillelse af større DNA -fragmenter (over 10.000 bp), fordi større molekyler lettere kan passere gennem porerne.

* lavere opløsning: Større fragmenter er muligvis ikke så adskilt på grund af den større porestørrelse, hvilket fører til mindre forskellige bånd.

* hurtigere migration: Større molekyler bevæger sig hurtigere gennem gelen på grund af mindre modstand.

Valg af den rigtige koncentration:

Den ideelle agarosekoncentration afhænger af størrelsen på de molekyler, du vil adskille:

* små DNA -fragmenter: Brug en højere agarosekoncentration (1,5%-2%).

* store DNA -fragmenter: Brug en lavere agarosekoncentration (0,5%-1%).

* Generelt formål: En standardkoncentration på 1% bruges ofte til en lang række DNA -fragmenter.

Andre faktorer, der skal overvejes:

* type agarose: Forskellige typer agarose kan påvirke porestørrelse og opløsning.

* buffer: Den buffer, der anvendes i elektroforese, påvirker også migrationshastigheder og opløsning.

* elektrisk felt: Spændingen påført over gelen kan også påvirke migrationshastighederne.

Sammenfattende er koncentrationen af ​​agarose i gelelektroforese afgørende for at opnå optimal opløsning og adskillelse af DNA -fragmenter. Ved omhyggeligt at vælge den relevante agarosekoncentration kan du sikre effektiv adskillelse af dine ønskede molekyler.