lysmikroskop:
* celler: Planteceller, dyreceller, bakterier, gær
* væv: Muskelvæv, nervevæv, epitelvæv
* små organismer: Protozoa, alger, små insekter
* Interne strukturer af celler: Nucleus, mitokondrier, chloroplaster
* tynde skiver af materialer: Træ, papir, stoffer
Elektronmikroskop:
* vira: Disse er for små til at blive set med et lysmikroskop.
* Interne strukturer af celler i detaljer: Ribosomer, proteiner, DNA -strenge
* krystaller: Detaljerede atomarrangementer
* nanomaterialer: Materialer med dimensioner i nanometeret.
Andre mikroskoper:
* Scanning af tunnelmikroskop: Kan forestille individuelle atomer.
* atomkraftmikroskop: Kan billedoverflader på atomniveau.
Så det afhænger virkelig af den specifikke struktur og den anvendte type mikroskop.